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开发抗冠状病毒药物的在线工具和抗病毒数据库

协议
的一部分药理学和毒理学方法书系列

摘要

当前的冠状病毒大流行危机使研究人员、学生、专业人员和记者迫切需要随时获得科学信息。用于研究的科学信息费用高昂,而且在这个危机时期,大多数大学和研究机构无法订阅所有与冠状病毒相关的期刊/文章。为加快疫苗研发和抗冠状病毒药物研发进程,大多数制药企业、科研机构和出版机构都在发挥关键作用,积极备战,争取尽早获得疫苗或抗冠状病毒药物。在这日冕危机的考验时刻,需要每个人共同努力。为了为科学界做出贡献,我们在这里试图概述一些可免费获得的工具和资源,这些工具和资源可能在数据挖掘和筛选新型冠状病毒先导分子方面提供一些见解。我们已经收集和整理了开放获取的在线工具和抗病毒数据库的信息,这对发现和开发冠状病毒疫苗和抗冠状病毒药物至关重要。开放获取工具包括开放教育资源(open Educational Resources, OERs)、谷歌云、在线预测服务器、网络查看器等,抗病毒数据库包括合成和未测试化合物库、抗病毒药物库、抗病毒肽库等。本章提供的信息将帮助研究人员直接用于冠状病毒药物研发项目。

关键字

电晕药物发现 开放获取工具 开放教育资源(OERs) 抗病毒数据库 开放存取期刊 冠状病毒 人工智能(AI) 药物再利用 机器学习

缩写

食品及药物管理局

食品和药物管理局

世界卫生组织

NCATS

国家推进转化科学中心

中科院

化学文摘社

研发

研究和开发

羊痘疮

开放阅读框

NCI

国家癌症研究所

毫升

机器学习

CSIR

科学和工业研究委员会

笔记

致谢

我们感谢审稿人的评论,他们帮助我们重新塑造和完善了章节到现在的形式。R.B.A.感谢印度新德里的CSIR提供研究助理(RA)奖学金。

参考文献

  1. 1.
    李峰(2016)冠状病毒突刺蛋白的结构、功能和进化。Annu Rev Virol 3:37 - 261谷歌学者
  2. 2.
    Perlman S, Netland J (2009) sars后冠状病毒:复制和发病机制的最新进展。Nat Rev微生物7(6):439-450谷歌学者
  3. 3.
  4. 4.
  5. 5.
  6. 6.
  7. 7.
  8. 8.
    Thakur N, Qureshi A, Kumar M (2012) AVPpred:高效抗病毒肽的收集和预测。核酸检测40(W1): W199-W204谷歌学者
  9. 9.
    http://crdd.osdd.net/servers/avppred。2020年9月18日通过
  10. 10.
    Qureshi A, Tandon H, Kumar M (2015) AVP-IC50Pred:基于多机器学习技术,根据半数最大抑制浓度(IC50)预测肽的抗病毒活性。Pept Sci 104 (6): 753 - 763谷歌学者
  11. 11.
    Sedova M, Jaroszewski L, Alisoltani A, Godzik A(2020)冠状病毒3D: COVID-19基因组差异的三维结构可视化。生物信息学:1 - 3谷歌学者
  12. 12.
  13. 13.
  14. 14.
  15. 15.
  16. 16.
    https://www.bmj.com/coronavirus。2020年9月18日通过
  17. 17.
  18. 18.
  19. 19.
  20. 20.
  21. 21.
  22. 22.
  23. 23.
  24. 24.
    https://www.karger.com/Tap/Home/278492。2020年9月18日通过
  25. 25.
    https://www.thelancet.com/coronavirus。2020年9月18日通过
  26. 26.
  27. 27.
  28. 28.
    https://www.nejm.org/coronavirus。2020年9月18日通过
  29. 29.
  30. 30.
    http://tools.ovid.com/coronavirus/。2020年9月18日通过
  31. 31.
  32. 32.
  33. 33.
    https://pubs.rsna.org/2019-ncov。2020年9月18日通过
  34. 34.
    https://journals.sagepub.com/coronavirus。2020年9月18日通过
  35. 35.
  36. 36.
  37. 37.
  38. 38.
  39. 39.
  40. 40.
  41. 41.
  42. 42.
  43. 43.
  44. 44.
  45. 45.
  46. 46.
  47. 47.
  48. 48.
    https://www.viprbrc.org/。2020年9月18日通过
  49. 49.
    赵文敏,宋树华,陈明林,邹丹,马丽娜,马玉坤,李瑞杰,郝丽丽,李春平,田德民(2020)新型冠状病毒资源。易栓42 (2):212 - 221谷歌学者
  50. 50.
    https://bigd.big.ac.cn/ncov/?lang=en。2020年9月18日通过
  51. 51.
    https://innovateindia.mygov.in/ddh2020/。2020年9月18日通过
  52. 52.
  53. 53.
    https://coronavirus3d.org/。2020年9月18日通过
  54. 54.
    Qureshi A, Thakur N, Tandon H, Kumar M (2014) AVPdb:一个实验验证的针对医学上重要病毒的抗病毒肽数据库。核酸分析42(D1): D1147-D1153谷歌学者
  55. 55.
    http://crdd.osdd.net/servers/avpdb/。2020年9月18日通过。
  56. 56.
    Qureshi A, Thakur N, Kumar M (2013) HIPdb:一个实验验证的HIV抑制肽数据库。《公共科学图书馆•综合》(1):8 e54908谷歌学者
  57. 57.
    http://crdd.osdd.net/servers/hipdb/。2020年9月18日通过
  58. 58.
    https://www.fludb.org/。2020年9月18日通过
  59. 59.
    https://www.antiviralintelistrat.com/。2020年9月18日通过
  60. 60.
    https://covdb.stanford.edu/。2020年9月18日通过
  61. 61.
    https://www.cas.org/covid19。2020年9月18日通过
  62. 62.
  63. 63.
  64. 64.
  65. 65.
    http://rcsb.org。2020年9月18日通过
  66. 66.
    http://aps.unmc.edu/AP/main.php。2020年9月4日通过
  67. 67.
    https://covid19.bioreproducibility.org/。2020年9月4日通过
  68. 68.
  69. 69.
    Irwin JJ, Shoichet BK(2005)锌——一个用于虚拟筛选的自由商业可利用化合物数据库。化学分子模型45(1):177-182谷歌学者
  70. 70.
    https://zinc.docking.org/。访问2020年9月03日
  71. 71.
    https://www.ibscreen.com/。访问2020年9月03日
  72. 72.
    http://www.asinex.com/antiviral/。访问2020年9月03日
  73. 73.
  74. 74.
  75. 75.
    https://cactus.nci.nih.gov/ncidb2.2/。2020年9月4日通过
  76. 76.
    陈建华,Linstead E, Swamidass SJ,王丹,Baldi P (2007) ChemDB更新全文检索与虚拟化学空间。生物信息学23 (17):2348 - 2351谷歌学者
  77. 77.
    http://cdb.ics.uci.edu/。2020年9月6日通过
  78. 78.
    http://www.chemspider.com/。访问2020年9月03日
  79. 79.
  80. 80.
    https://hmdb.ca/。2020年9月01日
  81. 81.
    https://smpdb.ca/。2020年9月2日
  82. 82.
    Singla D, Sharma A, Kaur J, Panwar B, Raghava GPS (2010) BIAdb:苄基异喹啉生物碱数据库。BMC杂志10 (1):4谷歌学者
  83. 83.
  84. 84.
  85. 85.
    Banerjee P, ererhman J, Gohlke B-O, Wilhelm T, Preissner R, Dunkel M (2015) supernatural ii -天然产物数据库。核酸检测43(D1): D935-D939谷歌学者
  86. 86.
  87. 87.
    Mangal M, Sagar P, Singh H, Raghava GPS, Agarwal SM (2013) NPACT:天然植物抗癌化合物活性目标数据库。核酸分析41(D1): D1124-D1129谷歌学者
  88. 88.
    http://crdd.osdd.net/raghava/npact/。访问2020年9月03日
  89. 89.
    https://www.pharmgkb.org/。2020年9月01日
  90. 90.
    http://cheminfo.charite.de/superdrug2/。访问2020年9月03日
  91. 91.
    Pellet J, Tafforeau L, Lucas-Hourani M, Navratil V, Meyniel L, Achaz G, Guironnet-Paquet A, Aublin-Gex A, Caignard G, Cassonnet P (2010) ViralORFeome:一个集成数据库,用来生成一个多功能的病毒orf集合。核酸研究38:D371-D378谷歌学者
  92. 92.
  93. 93.
    Griffith M, Griffith OL, Coffman AC, Weible JV, McMichael JF, Spies NC, Koval J, Das I, Callaway MB, Eldred JM (2013) DGIdb:挖掘药物基因组。Nat方法10 (12):1209 - 1210谷歌学者
  94. 94.
    http://www.dgidb.org/。2020年9月6日通过
  95. 95.
    【关键词】药物代谢,药物银行,药物代谢,新视角核酸检测42(D1): D1091-D1097谷歌学者
  96. 96.
    https://www.drugbank.ca/。2020年9月6日通过
  97. 97.
    秦超,张超,朱芳,徐芳,陈淑云,张鹏,李艳红,杨淑云,魏玉青,陶玲(2014)治疗靶标数据库更新2014:一种靶向治疗资源。核酸分析42(D1): D1118-D1123谷歌学者
  98. 98.
    http://bidd.nus.edu.sg/group/cjttd/。访问2020年9月03日
  99. 99.
    Bento AP, Gaulton A, Hersey A, Bellis LJ, Chambers J, Davies M, Kruger FA, Light Y, Mak L, McGlinchey S (2014) ChEMBL生物活性数据库:一个更新。核酸检测42(D1): D1083-D1090谷歌学者
  100. One hundred.
    https://www.covid19dataportal.org/about。2020年9月5日通过
  101. 101.
    Orchard S, Ammari M, Aranda B, Breuza L, Briganti L, Broackes-Carter F, Campbell NH, Chavali G, Chen C, Del-Toro N (2014) MIntAct项目- complete作为11个分子相互作用数据库的通用管理平台。核酸测定42(D1): D358-D363谷歌学者
  102. 102.
    https://www.ebi.ac.uk/intact/。2020年9月6日通过
  103. 103.
    Salwinski L, Miller CS, Smith AJ, Pettit FK, Bowie JU, Eisenberg D(2004)相互作用蛋白数据库:2004年更新。核酸Res 32: D449-D451谷歌学者
  104. 104.
    http://dip.doe-mbi.ucla.edu。2020年9月5日通过
  105. 105.
    Consortium U (2015) UniProt:蛋白质信息中心。核酸检测43(D1): D204-D212谷歌学者
  106. 106.
    https://www.uniprot.org/。2020年9月2日
  107. 107.
    关键词:mentha,病毒,宿主蛋白,相互作用核酸检测43(D1): D588-D592谷歌学者
  108. 108.
    http://virusmentha.uniroma2.it/。2020年8月29日通过
  109. 109.
    Navratil V, de Chassey B, Meyniel L, Delmotte S, Gautier C, Andre P, Lotteau V, Rabourdin-Combe C (2009) VirHostNet:一个用于管理和分析蛋白质组范围内病毒-宿主相互作用网络的知识库。核酸Res 37: D661-D668谷歌学者
  110. 110.
  111. 111.
    https://drugvirus.info/。2020年8月20日通过
  112. 112.

版权信息

科学beplay登入+商业媒体,LLC, 2021年

作者和联系

  1. 1.康比化学生物资源中心有机化学部(OCD)CSIR-National化学实验室浦那印度

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