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pp 1-41|引用作为

开发抗Covid-19药物的非平衡炼金术模拟

协议
第一个在线:
部分药理学和毒理学方法书系列

摘要

随着世界受到冠状病毒大流行的困扰，高效的自动化协议为可靠的在网上化合物结合强度的估计vs迫切需要sars - cov2相关生物靶标。药物开发中的共识计算管道开始于通过数据驱动的生成化合物库的对接工具进行分类，然后是分子动力学(MD)技术对最佳评分配体的子集进行分类。在这种情况下，通过MD确定绝对结合自由能是药物优化过程之前一个至关重要且具有挑战性的中间步骤，在严格同族序列上使用有效的炼金术MD技术。在这里，我们描述了一种基于非平衡热力学的炼金术MD技术，能够在几个小时内在现代高性能计算平台上可靠地估计药物受体系统的绝对结合自由能。该方法可以与建立良好的炼金术相对结合自由能计算相结合，为从一组化学上遥远的配体开始的药物优化提供一个自动化的工作流程。

关键字

绝对束缚自由能 新型冠状病毒肺炎 药物设计 炼金术的方法
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笔记

确认

这项工作所使用的计算资源和相关技术支持由CRESCO/ENEAGRID高性能计算基础设施及其工作人员提供[99］．CRESCO/ENEAGRID高性能计算基础设施由ENEA，意大利国家新技术、能源和可持续经济发展机构以及意大利和欧洲研究计划资助http://www.cresco.enea.it/english获取信息。

我们感谢欧洲先进计算伙伴关系(PRACE)授予我们在CINECA联盟(意大利)(Pra20_CV28)获得Marconi100的权限。

我们感谢乔瓦尼·布西进行了富有成果的讨论，并感谢他在使用用羽毛装饰的库与GROMACS。

我们感谢Yuriy Khalak, Vytautas Gapsys, Matteo Aldeghi, Bert de Groot进行了有益的讨论，并感谢他们在GROMACS 2019.4补丁版本执行自由能计算时无私的合作态度和宝贵的帮助。

我们感谢CINECA工作人员在Marconi100高性能pc上提供的技术援助。

作者感谢MIUR-Italy(“Progetto Dipartimenti di Eccellenza 2018-2022”分配给化学系“Ugo Schiff”)。

利益冲突

作者宣称他们没有利益冲突。

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版权信息

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作者及隶属关系

  1. 1.化学系佛罗伦萨大学Sesto Fiorentino意大利
  2. 2.DTE-ICT-HPCENEA, Portici研究中心Portici (NA)意大利

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