文摘
流感大流行的形势出现由于SARS-CoV-2病毒已经失望的社会和经济设置得不好,还没有治愈可用来应对这种情况。传播世界各地所有的科学结果和数据,所有的主要科学期刊和数据库提供全球开放他们的内容。由于集中研究,大量的多维数据生成在很短的时间内理解病毒的基本行为,这对小说是有用的治疗的发展。许多国家正在研究疫苗发展;然而这部小说进展药物管道也平行减少死亡率。病毒基因组从∼30 kb大小,许多不同的实验特征识别和验证蛋白质三维结构紧随其后决心探索抗病毒目标更加迅速,这是包括在这一章中。蛋白酶被发现时都是有前途的抗病毒的目标蛋白质和SARS-CoV-2,半胱氨酸蛋白酶如3 cl箴(chymotrypsin-like蛋白酶)和PL箴(papain-like蛋白酶)相同的服务。两个半胱氨酸蛋白酶参与多肽的卵裂过程从病毒的RNA基因组,这解理协助复制装置复杂的形成所必需的病毒存在。
目标蛋白酶,许多分子力学方法计算筛选协议已经应用于找到对他们的抑制剂;然而,由于固有的局限性(选择性)的方法,还没有取得重大成功。在目前的研究中,我们回顾了不同计算方法应用于搜索的抑制剂对COVID-19的目标。CliquePharm此外,使用我们的方法,我们试图生成多目标具体从头开始药效团模型从数据库中搜索特定的新型抑制剂的抗病毒的化学物质。Apo-structures两半胱氨酸蛋白酶用于设计不同大小和类型的药效团模型,进一步筛选使用本地设置化学数据库来识别多层次特定抑制剂。与本研究的帮助下,我们不仅能够探索中的常见的交互选择蛋白酶来捕获多靶向药物也是这种方法将抑制任何抵抗抑制剂设计的机会。
关键字
SARS-CoV-2 COVID-19 3氯箴 PL箴 多靶向抑制剂 CliquePharm 网格笔记
确认
作者要感谢达索系统公司股价BIOVIA提供完整BIOVIA发现工作室学术研究套件进行SARS-CoV-2-related研究。PK要感谢生物信息学中心、研究所免疫学(NII),新德里,提供计算设施,和金融部门的支持生物技术(印度生物技术部),印度,在发言(BT / BI / 03/009/2002)和科(BT / COE / 34 / SP15138/2015)项目。
补充材料
引用
-
1。王许X,陈P, J,冯J,周H,李X et al(2020)的新型冠状病毒的进化正在武汉爆发和建模的突起蛋白人类的传播风险。Sci中国人寿Sci 63 (3): 457 - 460谷歌学术搜索
-
2。Heneka MT, Golenbock D,莱兹E,摩根D,布朗R(2020)直接和长期后果COVID-19感染对神经系统疾病的发展。老年痴呆症Res其他12 (1):69谷歌学术搜索
-
3所示。王朱N,张D, W,李X,杨B,歌J et al(2020)的新型冠状病毒肺炎患者在中国,2019年。郑传经地中海382 (8):727 - 733谷歌学术搜索
-
4所示。Lomniczi B(1977)禽冠状病毒RNA的生物属性。J创36 (3):531 - 533谷歌学术搜索
-
5。陈Zumla,摩根富林明,爱资哈尔EI,回族DS,袁肯塔基州(2016)冠状病毒-药物发现和治疗选择。Nat牧师药物越是加大15 (5):327 - 347谷歌学术搜索
-
6。马拉马,琼斯SJ,很显然,阿斯苔CR霍尔特RA, Butterfield Brooks-Wilson A, y et al (2003) SARS-associated冠状病毒的基因组序列。科学》300 (5624):1399 - 1404谷歌学术搜索
-
7所示。戴维斯哈,关于先生(1979)比较三冠状病毒的形态。拱性59(1 - 2):男性谷歌学术搜索
-
8。Benvenuto D, Giovanetti M, Ciccozzi Spoto年代,Angeletti年代,Ciccozzi M(2020) 2019 -新冠状病毒流行:病毒进化的证据。J地中海微生物学报92 (4):455 - 459谷歌学术搜索
-
9。陈Y,刘问,郭D(2020)新兴冠状病毒:基因组结构、复制和发病机理。J地中海微生物学报92 (4):418 - 423谷歌学术搜索
-
10。程VC、刘SK吸引电脑,袁肯塔基州(2007)严重急性呼吸系统综合症冠状病毒作为新兴的代理和重现感染。中国Microbiol牧师20 (4):660 - 694谷歌学术搜索
-
11。李N,回族D,吴,陈P,卡梅伦P, Joynt通用et al(2003)的一个主要在香港爆发的严重急性呼吸系统综合症。郑传经地中海348 (20):1986 - 1994谷歌学术搜索
-
12。海岬,van Boheemen年代,Bestebroer TM, Osterhaus广告,Fouchier RA(2012)隔离的一种新型冠状病毒肺炎在沙特阿拉伯。郑传经地中海367 (19):1814 - 1820谷歌学术搜索
-
13。刘SK,吸引电脑,李KS,黄黄Y, Tsoi HW,黑洞et al(2005)严重急性呼吸系统综合症coronavirus-like病毒在中国马蹄蝙蝠。《美国国家科学院刊年代102 (39):14040 - 14045谷歌学术搜索
-
14。Reusken CB, Haagmans提单,穆勒妈,古铁雷斯C, Godeke GJ, Meyer B et al(2013)中东呼吸系统综合症冠状病毒血清中和抗体在单峰骆驼骆驼:比较血清学研究。柳叶刀感染说13 (10):859 - 866谷歌学术搜索
-
15。Sheahan TP,西姆斯AC, Leist SR,谢弗,获得J,布朗AJ et al(2020)比较治疗效果lopinavir remdesivir和组合,例如,对MERS-CoV干扰素β。Nat Commun 11 (1): 222谷歌学术搜索
-
16。张曹王M, R, L,杨X,刘J,徐M et al (2020) Remdesivir和氯喹有效地抑制最近出现的新型冠状病毒(2019 - ncov)体外。细胞Res 30 (3): 269 - 271谷歌学术搜索
-
17所示。郭D(2020)新老敌人武器:药物再利用新兴病毒性疾病的治疗。性罪35 (3):253 - 255谷歌学术搜索
-
18岁。莫尔斯JS, Lalonde T,徐年代,刘WR(2020)从过去学习:可能的紧急预防和治疗选择2019 - ncov严重急性呼吸道感染引起的。Chembiochem 21 (5): 730 - 738谷歌学术搜索
-
19所示。而YM Shalhoub年代,Mandourah Y, Al-Hameed F, Al omari,艾尔卡西姆E et Al(2020)利巴韦林和干扰素治疗危重患者中东呼吸道综合症:一个多中心观察研究。感染说70 (9):1837 - 1844谷歌学术搜索
-
20.中村Furuta Y, Komeno T, T (2017) Favipiravir (T - 705),广泛的病毒RNA聚合酶抑制剂。Proc日本专科Ser B物理生物科学93 (7):449 - 463谷歌学术搜索
-
21。桑德斯JM, Monogue ML, Jodlowski TZ, Cutrell简森-巴顿(2020)药物治疗冠状病毒病2019 (COVID-19):一个回顾。《美国医学会杂志》323年(18):1824 - 1836谷歌学术搜索
-
22。Kadam俄文,威尔逊IA(2017)基础结构由抗病毒药物Arbidol抑制流感病毒融合。《美国国家科学院刊年代114 (2):206 - 214谷歌学术搜索
-
23。莉娃L,元年代,阴X, Martin-Sancho L, Matsunaga N, L Pache et al(2020)发现SARS-CoV-2抗病毒药物通过大规模的复合再利用。自然586:113谷歌学术搜索
-
24。山本N,松山年代,Hoshino T,山本N(2020)奈非那韦抑制严重急性呼吸系统综合症冠状病毒的复制2体外。bioRxiv: ppbiorxiv - 026476谷歌学术搜索
-
25。Bekerman E, Einav年代(2015)传染病。应对新出现的病毒威胁。科学》348 (6232):282 - 283谷歌学术搜索
-
26岁。Ianevski,安徒生π,优点,Bjoras M, Kainov D(2019)扩大活动范围的抗病毒药物。今天药物越是加大24 (5):1224 - 1228谷歌学术搜索
-
27。安徒生π,Ianevski Lysvand H, Vitkauskiene, Oksenych V, Bjoras M et al (2020) safe-in-man广谱抗病毒药物的发现和开发。Int J感染说93:268 - 276谷歌学术搜索
-
28。Douangamath, Fearon D, Gehrtz P, Krojer T, Lukacik P,欧文CD et al(2020)晶体的亲电片段筛选SARS-CoV-2主要蛋白酶。bioRxiv谷歌学术搜索
-
29。张成泽通用戈登•德Bouhaddou M,徐J, Obernier K,白色公里et al (2020) SARS-CoV-2蛋白质交互地图显示药物再利用的目标。自然583 (7816):459 - 468谷歌学术搜索
-
30.冬天的DJ (2017) rentrez: R包NCBI eUtils API。PeerJ 5: e3179v2谷歌学术搜索
-
31日。凯利JA,奥尔森,纽帕妮K, Munshi年代,Emeterio JS,波拉克L et al(2020)的结构和功能的保护程序1核糖体转移SARS-CoV-2的信号。bioRxiv谷歌学术搜索
-
32。Ghosh AK,布林迪西M, Shahabi D,查普曼我,Mesecar广告(2020)药物开发和药物化学努力发热和covid-19疗法。地中海化学化学15 (11):907 - 932谷歌学术搜索
-
33。希尔根菲尔德R(2014)从“非典”即:蛋白酶晶体研究coronaviral蛋白酶使抗病毒药物设计。281年2月J (18): 4085 - 4096谷歌学术搜索
-
34。泰尔V,伊万诺夫KA, Putics Hertzig T, Schelle B,拜耳年代et al(2003)机制和酶参与SARS冠状病毒基因组的表达。创性研究84 (Pt 9): 2305 - 2315谷歌学术搜索
-
35。林张L D,太阳X, Curth U, Drosten C, Sauerhering L et al(2020)的晶体结构SARS-CoV-2主要蛋白酶改善alpha-ketoamide抑制剂的设计提供了依据。科学》368 (6489):409 - 412谷歌学术搜索
-
36。科内尔DW,菲利普斯G,奥尼尔嗯,Jedrzejczak R, L短距起落,兰甘过世P et al(2020)的结构可塑性SARS-CoV-2 3 cl Mpro活性部位腔了室温x射线晶体学。Nat Commun 11 (1): 3202谷歌学术搜索
-
37岁。邓徐金Z, Du X, Y, Y,刘M,赵Y et al(2020)的结构M (pro) SARS-CoV-2及其抑制剂的发现。自然582 (7811):289 - 293谷歌学术搜索
-
38。查克•CP Chong LT,陈C, Chow高频,广域网,黄KB(2010)分析冠3 cl的底物特异性。《公共科学图书馆•综合》5 (10):e13197谷歌学术搜索
-
39岁。郭CJ,气YH,许JT,梁的PH值(2004)描述SARS主要蛋白酶抑制剂试验使用fluorogenic衬底。Biophys Res Commun 318 (4): 862 - 867谷歌学术搜索
-
40。陈冯风扇K, P, Q,年代,黄C,马L et al(2004)的生物合成,纯化,底物特异性的严重急性呼吸系统综合症冠状病毒3 C蛋白酶。生物化学杂志279 (3):1637 - 1642谷歌学术搜索
-
41岁。许WC, Chang HC,周CY,蔡PJ,林π,Chang GG(2005)重要区域单元的关键评估协会和催化作用的严重急性呼吸系统综合症冠状病毒主要蛋白酶。生物化学杂志280 (24):22741 - 22748谷歌学术搜索
-
42。夏B,康X(2011)冠主要蛋白酶的激活和成熟。细胞蛋白2 (4):282 - 290谷歌学术搜索
-
43。Gorbalenya AE, Snijder EJ(1996)病毒半胱氨酸蛋白酶。教谕药物越是加大Des 6 (1): 64 - 86谷歌学术搜索
-
44岁。阿南德•K Ziebuhr J, Wadhwani P,小主人,希尔根菲尔德R(2003)冠状病毒蛋白酶的主要蛋白酶(3 clpro)结构:防治非典药物设计的基础。科学》300 (5626):1763 - 1767谷歌学术搜索
-
45岁。Hegyi, Ziebuhr J(2002)保护主要冠状病毒蛋白酶底物特异性。创性研究83 (Pt 3): 595 - 599谷歌学术搜索
-
46岁。Shin D,慕克吉R, Grewe D, Bojkova D,门敏K, Bhattacharya et al (2020) Papain-like蛋白酶调节SARS-CoV-2病毒传播和先天免疫。自然谷歌学术搜索
-
47岁。哈考特BH, Jukneliene D, Kanjanahaluethai Bechill J,揭幕公里,史密斯厘米et al(2004)的识别严重急性呼吸系统综合症冠状病毒复制酶产品和papain-like蛋白酶活动的特征。J微生物学报78 (24):13600 - 13612谷歌学术搜索
-
48。汉y, Chang GG, Juo CG, Lee HJ叶SH,许JT et al (2005) Papain-like蛋白酶2 (PLP2)严重急性呼吸系统综合症冠状病毒(冠):表达、纯化、表征和抑制。生物化学44 (30):10349 - 10359谷歌学术搜索
-
49。你们Y, Scheel H,霍夫曼K, Komander D(2009)解剖USP催化领域显示五个常见的插入点。摩尔Biosyst 5 (12): 1797 - 1808谷歌学术搜索
-
50。Baez-Santos YM,圣约翰,Mesecar广告(2015)发热papain-like蛋白酶:结构、功能和抑制设计抗病毒化合物。抗病毒Res 115:21-38谷歌学术搜索
-
51。陈高X,秦B P,朱K,侯P, Wojdyla JA et al(2020)的晶体结构SARS-CoV-2 papain-like蛋白酶。Acta制药罪B谷歌学术搜索
-
52岁。Sulea T,林德纳哈,Purisima EO, Menard R (2005) Deubiquitination,严重急性呼吸系统综合症冠状病毒的一个新函数papain-like蛋白酶吗?微生物学报79 (7):4550 - 4551谷歌学术搜索
-
53岁。陈Devaraj SG,王N,陈Z, Z,曾M, N Barretto et al(2007)的监管IRF-3-dependent先天免疫papain-like蛋白酶域的严重急性呼吸系统综合症冠状病毒。临床生物化学282 (44):32208 - 32221谷歌学术搜索
-
54。Bekes M, van der Heden van Noort GJ, Ekkebus R, Ovaa H,黄TT,利马CD(2016)承认Lys48-linked di-ubiquitin deubiquitinating活动的SARS冠状病毒papain-like蛋白酶。摩尔细胞62 (4):572 - 585谷歌学术搜索
-
55。Sliwoski G, Kothiwale年代,梅尔J,劳电子战(2014)计算方法在药物发现。杂志66:334牧师- 395谷歌学术搜索
-
56。李张高J, L,刘X, F,朱马R, Z et al(2020)再利用低分子量药物对严重急性呼吸系统综合症冠状病毒的主要蛋白酶2。J phy化学11 (17):7267 - 7272谷歌学术搜索
-
57。王Huynh T H,烹调的菜肴B(2020)硅片探索面向临床药物的分子机制可能是抑制SARS-CoV-2的主要蛋白酶。J phy化学11 (11):4413 - 4420谷歌学术搜索
-
58岁。王J(2020)的快速识别可能的药物治疗冠状病毒disease-19 (COVID-19)通过计算药物再利用研究。J化学正模型60 (6):3277 - 3286谷歌学术搜索
-
59。费舍尔,Sellner M, Neranjan年代,马Smiesko M,莉儿(2020)潜在的新型冠状病毒蛋白酶抑制剂被虚拟筛选6.06亿种化合物。Int J摩尔Sci 21 (10): 3626谷歌学术搜索
-
60。Yadav AK,沙玛,Goyal年代,Kumar P,古普塔L (2020) In-silico筛选植物抗病毒药物对主要蛋白酶3 cl (pro)和内切核糖核酸酶,NSP15 SARS-CoV-2的蛋白质。J Biomol结构动力学:1 - 15谷歌学术搜索
-
61年。奈克B,古普塔N, Ojha R,辛格年代,生VK、Prusty D(2020)高通量虚拟筛选揭示SARS-CoV-2多目标绑定天然化合物导致即时治疗COVID-19治疗。Int J生物絮凝160:1-17谷歌学术搜索
-
62年。卡尔森哈,Masukawa公里,鲁宾K,布什曼FD,约根森西城,林家的RD et al(2000)发展hiv - 1整合酶的动态药效团模型。J地中海化学43 (11):2100 - 2114谷歌学术搜索
-
63年。Sztain T, Amaro R, McCammon JA(2020)内的神秘和变构口袋说明SARS-CoV-2蛋白酶。bioRxiv谷歌学术搜索
-
64年。谢赫。AO Verkhivker通用,Tastan BO(2020)早期大流行阶段突变对分子动力学的影响SARS-CoV-2 M (pro)。60:5080 J化学正模型谷歌学术搜索
-
65年。Nutho B, Mahalapbutr P, Hengphasatporn K, Pattaranggoon数控,Simanon N, Shigeta Y et al(2020)为什么lopinavir,例如有效的针对新出现的冠状病毒2019 ?原子论的见解的抑制机制。生物化学59 (18):1769 - 1779谷歌学术搜索
-
66年。夏勒维,Šribar D,努南T,邓L,阮TN, Pach年代et al(2020)新一代三维药效团模型。威利Interdiscip牧师第一版摩尔Sci 10 (4): e1468谷歌学术搜索
-
67年。日本吉野R, N, Sekijima M(2020)识别关键SARS-CoV-2主要蛋白酶抑制剂药物之间的相互作用的候选人。Sci代表10 (1):12493谷歌学术搜索
-
68年。外邦人D, Patamia V, Scala, Sciortino MT,斑带粗面熔岩,Rescifina(2020)假定的抑制剂的SARS-CoV-2海洋天然产物的主要蛋白酶从图书馆:一个虚拟筛选和分子模拟研究。药物3月18 (4):225谷歌学术搜索
-
69年。Arun公斤Sharanya CS, Abhithaj J,弗朗西斯·D Sadasivan C(2020)药物对SARS-CoV-2再利用使用基于E-pharmacophore虚拟筛选、分子对接和分子动力学的主要蛋白酶作为目标。J Biomol结构动力学:1 - 12谷歌学术搜索
-
70年。Debnath P, B Debnath Bhaumik年代,Debnath年代(2020)硅片的识别潜在的ADP-ribose磷酸酶抑制剂SARS-CoV-2 nsP3结合E-pharmacophore——receptor-based虚拟筛选的数据库。化学选择5 (30):9388 - 9398谷歌学术搜索
-
71年。Gulotta先生,Lombino J Perricone U,德西蒙G, Mekni N, De罗莎M et al(2020)针对SARS-CoV-2 RBD接口:监督计算数据驱动的方法来识别潜在的调节器。地中海化学化学15:1921谷歌学术搜索
-
72年。Beura年代,Chetti P (2020) In-silico策略对SARS-CoV-2探索基于氯喹的抑制剂。J Biomol结构动力学:1-13谷歌学术搜索
-
73年。Peiffer-Smadja N, Maatoug R Lescure f - D 'Ortenzio E, Pineau J,国王J-R(2020)机器学习COVID-19需要全球协作和数据共享。Nat马赫智能2 (6):293 - 294谷歌学术搜索
-
74年。吨,非犹太人F,杏,禁止F, Cherkasov(2020)快速识别潜在的抑制剂SARS-CoV-2 13亿种化合物的主要蛋白酶的深度对接。摩尔告诉39 (8):e2000028谷歌学术搜索
-
75年。贝克BR,胫骨B,崔Y,公园,康K(2020)预测商用抗病毒药物可能作用于新型冠状病毒(SARS-CoV-2)通过药物相互作用深度学习模型。生物科技第一版Struct》J 18:784 - 790谷歌学术搜索
-
76年。穆罕默德努尔年代,A - z,穆巴拉克,Youcef M(2020)生成深度学习方法的发现SARS CoV2蛋白酶抑制剂。ChemRxiv谷歌学术搜索
-
77年。Gawriljuk签证官,寻觉PP、衬托DH, Bernatchez J,布特勒贝克年代,N et al(2020)机器学习模型识别SARS-CoV-2抑制剂。bioRxiv谷歌学术搜索
-
78年。Kowalewski J,雷(2020)预测小说SARS-CoV-2药物使用机器学习从> 1000万化学空间。Heliyon 6 (8): e04639谷歌学术搜索
-
79年。杨,杨,李问,Wuchty年代,张Z(2020)预测人类病毒蛋白质-蛋白质之间的关系通过一系列embedding-based机器学习方法。生物科技第一版Struct》J 18:153 - 161谷歌学术搜索
-
80年。黄侯周Y, Y,沈J, Y,马丁•W程F(2020)基于网络的新型冠状病毒2019 - ncov / SARS-CoV-2药物重定位。细胞越是加大6:14谷歌学术搜索
-
81年。程F,饶,用R (2020) COVID-19治疗:结合消炎和抗病毒疗法使用基于网络的方法。克里夫中国J地中海谷歌学术搜索
-
82年。Kaalia R, Srinivasan,库马尔,Ghosh我(2016)ILP-assisted新创药物设计。马赫学习103 (3):309 - 341谷歌学术搜索
-
83年。Kumar P, Kaalia R, Srinivasan Ghosh我(2018)多个药效基因靶向性从活性部位结构设计。定量构效关系环境SAR Res 29 (1): -谷歌学术搜索
-
84年。Goodford PJ(1985)计算程序确定积极有利的结合位点上重要的生物大分子。J地中海化学28 (7):849 - 857谷歌学术搜索
-
85年。刘C,周问,李Y,加纳LV,沃特金斯SP,卡特LJ et al(2020)的研究和开发对治疗药物和疫苗COVID-19和相关的人类冠状病毒疾病。ACS分Sci 6 (3): 315 - 331谷歌学术搜索
-
86年。BIOVIA DS (2020) BIOVIA发现工作室。达索系统公司股价,圣地亚哥,CA谷歌学术搜索
-
87年。ko博士,卡马乔CJ(2011)制药:高效和精确的药效团搜索。51 J化学正模型(6):1307 - 1314谷歌学术搜索
-
88年。安森BJ,查普曼我Lendy EK, Pshenychnyi年代,D ' aquila RT,萨切尔KJF et al(2020)广谱抑制冠状病毒主要和papain-like丙肝病毒蛋白酶的药物。在研究广场预印(版本1)可用谷歌学术搜索
-
89年。布罗斯B,琼斯RM,安森BJ, Arenson D, Aschenbrenner L,马Bakowski et al(2020)发现小说的冠状病毒3 cl蛋白酶抑制剂临床候选人COVID-19的潜在治疗。bioRxiv谷歌学术搜索
-
90年。张W,裴J,赖L(2017)计算多目标药物设计。J化学正模型57 (3):403 - 412谷歌学术搜索
-
91年。Talevi(2015)多目标药理学:可能性和局限性的“万能钥匙的方法”从药用化学家的角度来看。前杂志6:205谷歌学术搜索