协议
用上位性模拟无性种群的进化
我展示了如何使用用于正向遗传模拟的软件OncoSimulR来模拟存在上位性交互的无性种群的进化。本章强调对……的说明。
协议
酵母端粒重组分析
端粒酶失活后，端粒在每一轮DNA复制中都变得越来越短，并逐渐失去盖层功能，从而对同源重组产生保护作用。此外,telomera……
协议
植物RNA编辑事件的计算检测
计算机能够系统地利用RNA-seq数据，使我们能够在全基因组范围内有效地检测RNA编辑位点。这一章介绍了一个非常灵活的检测计算框架。
协议
重组蛋白与非dsb DNA病变和复制叉的体内结合
同源重组(HR)在DNA双链断裂(DSBs)反应中得到了广泛的研究。相比之下，除了dsb(例如，在单一s…
协议
定量基因网络中反溯性的实用分步指南
模块化是工程大型复杂系统的基本特性之一。在合成生物学中，遗传部分表现出与环境相关的行为。在这里，我们描述并量化了一个主要的来源…
协议
道德的DNA疫苗转入临床研究
一些实验性人类DNA疫苗目前正在进行第一、第二和第三阶段临床试验，以调查其有效性和安全性。人体临床试验必须遵循指南和程序……
协议
使用WISH-R包构建全基因组上位性SNP网络的协议
上位性是影响表型或疾病结果的基因或遗传变异(如单核苷酸多态性或SNPs)之间的相互作用。从统计学和生物学上来说，重要的是…
协议
基因电路实际模拟的随机微分方程
化学朗之万方程方法允许在许多实际情况下对基因电路进行简单的随机模拟，其中所涉及的物种的分子数量不是极低的。在这里,我们……
协议
全基因组水平上的同源重组分析
在损伤类型中，DNA双链断裂(DSBs)(由各种环境应激引起，但也在正常的细胞代谢活动中引起)是最有害的。
协议
c到u RNA编辑:从计算检测到实验验证
AID/APOBEC家族的酶是胞苷脱氨酶，作用于DNA和RNA。在APOBECs中，作用于RNA的最典型的家族成员是酶APOBEC1。apobec1介导的RNA编辑是一种有效的RNA编辑方法。
协议
HR蛋白sumo化的体外表征
在体外分析翻译后修饰，如sumo化，不仅提供了一个伟大的工具，不仅识别目标蛋白，而且描述这种修饰的具体影响。
协议
哺乳动物细胞中基因装置的蛋白质工程部分
合成生物学通过设计能够检测多种内源性或外源性调控通路的合成电路来推进细胞和分子生物学的研究。虽然耳朵……
协议
筛选双向上位性相互作用的统计意义的一阶校正
如果一个人使用数据来确定两个遗传单位之间最可能的上位性相互作用，然后测试确定的相互作用是否与一个表现型有关，名义上的统计证据将…
协议
SYNBADm自动生物电路设计
SYNBADm是一个Matlab工具箱，用于使用基于模型的优化方法自动设计生物电路。它使生物电路的设计与预定义的功能从生物学图书馆开始…
协议
腺苷-肌苷RNA编辑酶ADAR和microRNAs
RNA在细胞内受到超过100种不同的化学修饰。这些修饰对其功能和表达有不同的影响，导致RNA多样性。RNA编辑或conve…
协议
荧光显微镜分析结构特异性内切酶的重定位
荧光显微镜的分析对于研究细胞水平上基因组完整性维护的过程非常重要。是基因组稳定性所必需的，工作在有rev…
协议
自裂核酶的共转录分析及其配体依赖性
自裂核酶是催化特定位点自裂反应的RNA分子。自裂分析是生物化学研究和理解这些分子的一个重要方面。在这里……
协议
基因组工程Yarrowia lipolyticaPiggyBac转座子系统
一个突变体切除+/集成−piggyBac转座酶可以用于无缝切除染色体整合，piggyBac兼容的选择标记盒Yarrowia lipolytica基因组。这piggyBac t…
协议
用C-JAMP研究上位性和多效性
阐明人类健康和疾病的复杂生物学机制是一个巨大的挑战。有了基因组数据，可以对许多方面进行详细的研究，如不同基因组之间的相互作用。
协议
大批量DNA组装的计算机辅助设计与预验证
2s型限制性内切酶可以将单个基因部分的大量合成物进行常规组装。然而，设计缺陷的零件序列可以导致装配失败，导致…
